Article réalisé par Julien Vernay (Directeur Associé Performance RH)
Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) constituent un élément incontournable dans la gestion de la paie en cas d’arrêt de travail. Bien qu’encadrées par des règles précises, leur application peut vite devenir complexe, notamment en cas de subrogation ou de gestion multi-sites. Voici un tour d’horizon clair et actualisé pour mieux comprendre le calcul, la déclaration et l’impact des IJSS sur le bulletin de paie.
Comment calculer les IJSS ?
Les IJSS sont calculées à partir des salaires rétablis des mois qui précèdent l’arrêt de travail. Il s’agit d’indemnités versées pour compenser la perte de salaire lors d’un arrêt maladie, maternité ou accident du travail…
Détail :
- Salaire de référence :
- Maladie : salaires rétablis des 3 mois civils précédant le dernier jour travaillé, plafonnés à 1,4 X le SMIC (nouveau plafond depuis le 1er avril 2025), avec un taux d’indemnisation à 50%.
- Maternité : salaires rétablis des 3 mois civils précédant le dernier jour travaillé, plafonnés au PMSS (plafond mensuel de la sécurité sociale), avec un taux d’indemnisation à 79%.
- Accident du travail : salaire rétabli du mois civil précédant le dernier jour travaillé, + prorata de primes annuelles, avec un plafond évolutif selon la durée et les salaires de référence.
- En cas d’arrêt longue durée ou de maladie professionnelle, des majorations sont possibles (AT…)
Pourquoi les IJSS sont-elles déduites du salaire ?
- Lorsqu’il y a subrogation, c’est l’employeur qui perçoit directement les IJSS (Indemnités Journalières de Sécurité Sociale) à la place du salarié, pour lui en reverser l’équivalent dans sa paie.
- Sur le bulletin, on passe d’abord les IJSS en négatif du brut afin de neutraliser la partie de salaire remplacée par l’assurance maladie.
- Ensuite, on réintègre les IJSS nettes en bas du bulletin, afin que le salarié retrouve le bon net à payer, sans double indemnisation.
- Les IJSS sont juridiquement considérées comme une prestation d’assurance et non comme un salaire, elles ne doivent donc pas être soumises aux cotisations sociales (sauf CSG/CRDS selon cas).
- Ce mécanisme permet de garantir la continuité de rémunération du salarié tout en respectant la nature juridique et fiscale des indemnités de la Sécurité sociale.
Chaque entreprise appliquera par ailleurs à ses salariés ses propres conditions de maintien de salaire
Qui verse les IJSS ?
Les IJSS sont versées par l’Assurance Maladie. En cas de subrogation, c’est l’employeur qui les perçoit directement à la place du salarié.
Détail :
- Sans subrogation : versement direct à l’assuré par la CPAM.
- Avec subrogation : versement à l’employeur, qui maintient la rémunération du salarié.
Qui déclare les IJSS ? Et en cas de subrogation ?
C’est l’employeur qui déclare l’arrêt de travail via la DSN (Déclaration Sociale Nominative et événementielle), indispensable pour déclencher le calcul des IJSS.
Détail :
- Le salarié envoie son arrêt de travail à la CPAM et à son employeur
- La DSN mensuelle doit comporter les éléments de paie liés à l’arrêt.
- La DSN événementielle doit comporter les éléments liés à l’absence du salarié
- En cas de subrogation, une DSN « arrêt de travail » doit être envoyée dès le début de l’arrêt pour permettre le versement à l’employeur.
📌 Chez Althéa, nous accompagnons nos clients dans la mise en conformité de leurs DSN pour éviter les erreurs fréquentes de déclaration des IJSS.
Comment calculer les IJSS nettes ?
Les IJSS nettes correspondent au montant versé réellement par la CPAM (au salarié / l’employeur), après prélèvements sociaux obligatoires.
Détail :
- CSG déductible : 6,20 %.
- CRDS : 0,50 %.
- Taux de réduction : en moyenne 6,70 % appliqué aux IJSS brutes.
Quelle prime rentre dans le calcul des IJSS ?
Seules les primes soumises à cotisations sociales sont prises en compte dans le calcul du salaire de référence.
Détail :
- Incluses : primes mensuelles, primes sur objectifs, 13e mois si mensualisé.
- Exclues : intéressement, participation, indemnités non soumises à cotisation…
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En conclusion
Le calcul et la gestion des IJSS nécessitent une veille constante sur les évolutions réglementaires, ainsi qu’une maîtrise rigoureuse des process paie. Erreurs de déclaration, oublis de subrogation ou mauvais paramétrages logiciels peuvent entraîner des régularisations coûteuses.
Chez Althéa, notre expertise en paie et conformité RH nous permet d’accompagner durablement les entreprises dans la sécurisation de leurs pratiques sociales.
